29 novembre 2019
Dans le cadre de ses « jeudis d’Agap », l’unité de recherches AGAP, Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales, membre du réseau scientifique d’Agropolis Fondation, organise, le 12 décembre 2019, une rencontre sur le thème « Génomique comparative et pangénomique ».
Avec les présentations de Alexandra Louis (ENS Paris) et Manuel Ruiz (UMR Agap)
10h00-11h00 : Genomicus - visualisation linéaire et évolutive des contextes génomiques par Alexandra Louis (ENS Paris)
Genomicus est un outil web qui permet aux utilisateurs de naviguer dans les génomes en plusieurs dimensions : linéairement le long des axes chromosomiques, transversalement à travers la comparaison de génomes de plusieurs espèces, et chronologiquement selon l’évolution. Initialement développé pour l’exploitation des génomes de vertébrés, nous proposons un tutoriel de cet outil et de ces différentes fonctionnalités sur des données de génomes de plantes à fleurs. Le serveur web est actuellement disponible pour la communauté scientifique (http://genomicus.biologie.ens.fr/genomicus-plants). Une deuxième partie de l’exposé sera centrée sur le projet de génomique comparée de la plateforme de bioinformatique South Green, en particulier le déploiement d’une instance Genomicus au Cirad pour l’analyse phylogénomique de plantes (e.g. monocotylédones, Biomasse pour le futur).
11h00-12h00 : Retour sur la journée d’animation organisée par le GIS BV autour de la pangénomique végétale et initiation d’une discussion sur les perspectives en pangénomique dans l’UMR Agap présenté par Manuel Ruiz (UMR Agap)
Jeudi 12 décembre 2019 de 10h00 à 12h00, amphithéâtre J. Alliot - Bât. 4 - Cirad Lavalette (Avenue Agropolis) Montpellier
Pour plus d’information, contacter : stephanie.sidibe-bocs@cirad.fr ou consulter la page présentant les animations scientifiques du site d’Agap.
